# rm(list=ls()) # # TEST DOBRÉ SHODY (připomenutí) # četnosti skupin 0, A, B, AB ve výběru: 56,72,54,18 # rel. četnosti skupin 0, A, B, AB v populaci: 35 %, 35 %, 20 %, 10 % # je výběr reprezentativní co do krevních skupin? # chisq.test(c(56,72,54,18),p=c(0.35,0.35,0.20,0.10)) # # příklad antigen # pravděpodbonosti jsou funkcí NEZNÁMÉHO parametru # četnosti pro AA, Aa, aa: 18, 17, 6 (nn = c(18,17,6)) (thHat <- (2*nn[1]+nn[2])/(2*sum(nn))) (piHat = c(thHat^2,2*thHat*(1-thHat),(1-thHat)^2)) chisq.test(c(18,17,6),p=piHat) # POZOR, p-hodnota špatně!! chisq.test(c(18,17,6),p=piHat)$statistic # chí-kvadrát 1-pchisq(chisq.test(c(18,17,6),p=piHat)$statistic,1) # # TEST NEZÁVISLOSTI v kontingenční tabulce # # barva květů a tvar pylových zrnek hrachu, # nepředpokládáme znalost štěpných poměrů # (nn = c(296,27,19,85)) (tab = matrix(nn,nrow=2,ncol=2,byrow=TRUE)) rownames(tab) = c("oválný tvar","kulatý tvar") colnames(tab) = c("purpurová barva","červená barva") addmargins(tab) # chí-kvadrát TEST NEZÁVISLOSTI chisq.test(tab) # jiná hodnota chí-kvadrát, než při známém štěpném poměru # jen jeden stupeň volnosti, # (dva st. vol. jsme "utratili" odhadováním poměrů) chisq.test(tab)$expected # všechny očekávané četnosti jsou dost velké (>= 5) # # Ichs (t = matrix(c(14,11,14,78,55,28,24,189,55,44,24,175,73,42,17,106),4,4)) rownames(t) = c("nekuřák","bývalý kuřák","kuřák","silný kuřák") colnames(t) = c("zákl.","odb.","maturita","VŠ") addmargins(t) chisq.test(t) # Baden (t = matrix(c(1768,946,115,807,1387,438,189,746,288,47,53,16),3,4)) rownames(t) = c("modrá","šedá/zelená","hnědá") colnames(t) = c("světlé","hnědé","černé","ryšavé") addmargins(t) chisq.test(t) chisq.test(t)$expected # krevní skupiny (t =matrix(c(121,118,120,95,79,121,33,30),2,4)) rownames(t) = c("C","D") colnames(t) = c("0","A","B","AB") addmargins(t) prop.table(t,1) chisq.test(t) addmargins(t,1) prop.table(addmargins(t,1),1) addmargins(prop.table(addmargins(t,1),1),2) round(addmargins(prop.table(addmargins(t,1),1),2)*100,1) # McNemarův test # příklad stromy, # hodnoty tentokrát po sloupcích (byrow=FALSE je std. nataveno) (t = matrix(c(4,7,1,3,21,15,3,11,35),3,3)) mcnemar.test(t) chisq.test(t) # # hraboš tHrabos = matrix(c(4,11,27,473),2,2) rownames(tHrabos) = c("Frenkelia +","Frenkelia -") colnames(tHrabos) = c("Sarcocystis +","Sarcocystis -") addmargins(tHrabos) chisq.test(tHrabos,correct=FALSE) chisq.test(tHrabos,correct=FALSE)$expected chisq.test(tHrabos) fisher.test(tHrabos) mcnemar.test(tHrabos,correct=FALSE) mcnemar.test(tHrabos,correct=TRUE) # barva květů a tvar pylových zrnek (nn = c(296,27,19,85)) (n = sum(nn)) (tab = matrix(nn,nrow=2,ncol=2,byrow=TRUE)) rownames(tab) = c("oválný tvar","kulatý tvar") colnames(tab) = c("purpurová barva","červená barva") addmargins(tab) chisq.test(tab,correct=FALSE) chisq.test(tab,correct=TRUE)