Základy biostatistiky, cvičení (NSTP070, resp. MS710P09)

Arnošt Komárek

Podstránky

Domácí | Výuka |

Výuka zima

NSTP021 + 183 | NSTP191 | NSTP195 |

Výuka léto

NSTP070 | NSTP192 |

Výuka, software

Rko |

Vedené práce

Diplomové práce | Bakalářské práce |

Základy biostatistiky, cvičení (NSTP070, resp. MS710P09)

Letní semestr 2011-12

Výuka na Přírodovědecké fakultě UK v Praze

ROZVRH

Cvičení (AK): Středa 8:10 v B5 (Viničná 7)   
Středa 9:50 v B5 (Viničná 7)   
Cvičení (JR): Středa 11:30 v B5 (Viničná 7)    (RNDr. Jana Rubešová, Ph.D.)
Středa 13:10 v B5 (Viničná 7)   
Středa 14:50 v B5 (Viničná 7)   
Čtvrtek 13:10 v B5 (Viničná 7)   
Cvičení (AČ): Čtvrtek 15:40 v B5 (Viničná 7)    (Mgr. Alena Černíková, Ph.D.)
Čtvrtek 17:20 v B5 (Viničná 7)   
Cvičení (RS): Čtvrtek 8:10 v B5 (Viničná 7)    (Mgr. Radka Sabolová)
Čtvrtek 9:50 v B5 (Viničná 7)   
Přednáška: Úterý 8:10 v B7 (Viničná 7)    (Doc. RNDr. Karel Zvára, CSc.)

PODMÍNKY ZÍSKÁNÍ ZÁPOČTU

Získání zápočtu je podmíněno splněním požadavku účasti na cvičení a včasným odevzdáním všech úkolů, které mohou být zadány během jednotlivých cvičení.

  • Zápočet bude udělen pouze tomu, kdo měl nejvýše tři absence během semestru (tj. zameškání nejvýše 25 % všech konaných cvičení).
  • Do počtu tří absencí je nutné započítat též absence zapřičiněné účastí na exkurzích a dalších nepravidelných akcích pořádaných fakultou. Pouze v případě, že by počet absencí zapřičiněných těmito událostmi byl tři a více (tj. nezbyla by ani jedna absence pro pokrytí nezávažných onemocnění, náhlých nevolností apod.), lze po individuální dohodě takové absence nahradit vypracováním zadaných úkolů. K této individuální dohodě musí dojít nejpozději 9. května 2012 (den, kdy se koná poslední cvičení). Vypracované úkoly bude nutné dodat nejpozději 31. května 2012.
  • Za účast na jednom cvičení se považuje přítomnost během alespoň 75 minut daného cvičení.
  • Absenci lze výjimečně nahradit účastí na cvičení s jinou skupinou (též u jiného cvičícího) ve stejném týdnu. Vzhledem k tomu, že po mnou vedených cvičení se koná ještě dalších osm paralelek, předpokládám, že tímto způsobem budou mimo jiných nahrazeny všechny absence způsobené nefunčními budíky, nepravidelnostmi v dopravě apod.

Případy hodné zvláštního zřetele (tělesné postižení, dlouhodobější nemoc (alespoň 2 týdny), dlouhodobá hospitalizace, výkon trestu odnětí svobody či jiné vážné objektivní překážky ve studiu) budou posuzovány cvičícím individuálně.

Vzhledem k tomu, že tento předmět je vyučován v rámci prezenčního studia, nebudou, kromě výše uvedeného, umožněny žádné výjimky. Jestliže Vám v průběhu tohoto semestru neumožňují vaše další aktivity (studijní, pracovní, zájmové, ...) pravidelnou návštěvu ani jedné z vypsaných paralelek cvičení, nezapisujte si tento předmět. Kreditní systém studia vás nijak nenutí absolvovat ho zrovna v tomto semestru.

O případném uznávání zápočtů získaných v letech minulých a jejich přenosu do letošního akademického roku rozhoduje na základě patřičné žádosti studijní proděkan. Proto prosím, nežádejte mě o uznávání dříve získaných zápočtů. Nemohu vám vyhovět.


PODPŮRNÉ MATERIÁLY PRO CVIČENÍ

Níže uvedené soubory obsahují zejména technické aspekty práce na jednotlivých cvičeních. Kromě technických dovedností (jak dosáhnout toho či onoho výsledku pomocí používaného programu R) však slouží cvičení zejména k osvojení si statistických postupů probraných na přednášce (umět rozhodnout, kdy použít ten či onen postup) a k vybudování schopnosti správně interpretovat získané výsledky (co z výsledku plyne pro biologa, ekologa, ..., souhrnně pro nestatistika). K vytvoření těchto schopností by měla sloužit zejména vzájemná komunikace studentů se cvičícím během jednotlivých cvičení. Doporučuji proto studentům, aby se během cvičení soustředili zejména na pochopení principů probíraných postupů a interpretaci výsledků a netrávili většinu času opisováním, resp. zapisováním, kam klikat v R. Toto se vesměs dočtete v níže uvedených materiálech, které lze po jejich vytištění během cvičení již jenom mírně doplňovat.

Skutečný obsah cvičení se může od níže uvedeného mírně lišit. Stejně tak se během semestru může mírně měnit obsah jednotlivých souborů.

1. Seznámení s R    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
2. Popisná statistika pro kvantitativní proměnnou    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
3. Popisná statistika pro dvě kvantitativní proměnné    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
4. Popisná statistika pro kvalitativní proměnnou    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
5. Popisná statistika pro dvojici proměnných    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
6. Opakování na větším datovém souboru    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
7. Klasická definice pravděpodobnosti, pravděpodobnostní rozdělení, centrální limitní věta, interpretace intervalu spolehlivosti    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
8. Interval spolehlivosti pro střední hodnotu normálně rozděleného výběru    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
9. Jednovýběrový t-test    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
10. Dvouvýběrové testy pro kvantitativní data    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
11. Párové testy pro kvantitativní data    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
12. Analýza rozptylu jednoduchého třídění    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
13. Analýza rozptylu dvojného třídění    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
14. Korelace    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
15. Lineární regrese I    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
16. Lineární regrese II    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).
17. Analýza kategoriálních dat    pdf soubor   (poslední změna 7.2.2012).

SKUTEČNÝ PROGRAM JEDNOTLIVÝCH CVIČENÍ

1. cvičení (22.2.2012)    Seznámení s R (pdf č. 1, byl vynechán oddíl 2 a ,,příkazové`` části oddílu 3).
Popisná statistika pro kvantitativní proměnnou (pdf č. 2, oddíly 1 a 2, stručně též oddíl 3 – grafická znázornění).
 
2. cvičení (29.2.2012)    Popisná statistika pro kvantitativní proměnnou, doplňky ke grafickým znázorněním (pdf č. 2, oddíl 3).
Vytváření podmnožin (částečně podle odd. 7 z pdf č. 3).
Popisná statistika pro dvě kvantitativní proměnné (pdf č. 3).
 
3. cvičení (7.3.2012)    Popisná statistika pro dvě kvantitativní proměnné (stručné doplňky, vesměs dle oddílu 5 z pdf č. 3).
Popisná statistika pro kvalitativní proměnnou (pdf č. 4).
Popisná statistika pro dvojici proměnných (dvě kvantitativní, kvantitativní a kvalitativní, pdf č. 5 po oddíl 3).
 
4. cvičení (14.3.2012)    Popisná statistika pro dvojici proměnných (kvantitativní a kvalitativní - dovysvětlení obrázku plot of means).
Popisná statistika pro dvojici proměnných (dvě kvalitativní, pdf č. 5 od oddílu 4).
Opakování na větším datovém souboru (pdf č. 6), tvorba krátké zprávy.
 
5. cvičení (21.3.2012)    Klasická definice pravděpodobnosti, pravděpodobnostní rozdělení, centrální limitní věta, interpretace intervalu spolehlivosti (pdf č. 7).
 
6. cvičení (28.3.2012)    Interval spolehlivosti pro střední hodnotu normálně rozděleného výběru (pdf č. 8).
Jednovýběrový t-test (pdf č. 9).
 
7. cvičení (4.4.2012)    Jednovýběrový t-test, Shapirův-Wilkův test normality, síla testu (pdf č. 9).
Dvouvýběrový t-test, dvouvýběrový Wilcoxonův test (pdf č. 10).
 
8. cvičení (11.4.2012)    Dvouvýběrový t-test, dvouvýběrový Wilcoxonův test (pdf č. 10).
Párový t-test (pdf č. 11, oddíl 2, pouze v cca 10 minutách).
 
9. cvičení (18.4.2012)    Párové testy (pdf č. 11, oddíl 3 bez znaménkového testu).
Analýza rozptylu jednoduchého třídění, Kruskalův-Wallisův test (pdf č. 12, výklad na příkladu závislosti výšky otce na vzdělání matky).
 
10. cvičení (25.4.2012)    Korelace (pdf č. 14)
Lineární regrese, úvod (pdf č. 15 po bod 3 v oddíle 3, probrali jsme význam jednotlivých čísel ve výstupu ze summary).
 
11. cvičení (2.5.2012)    Lineární regrese (pdf č. 16).
 
12. cvičení (9.5.2012)    Analýza kategoriálních dat (pdf č. 17)
 
13. cvičení (16.5.2012)    Rektorský sportovní den, cvičení se nekoná.

SAMOSTATNÉ ÚLOHY

Sada č. 1    zadání (pdf)    data (csv)   (poslední změna 6.4.2011).
Sada č. 2    zadání (pdf)    data (csv)   (poslední změna 6.4.2011).
Sada č. 3    zadání (pdf)      (poslední změna 6.4.2011).

 
StatCounter - Free Web Tracker and Counter
View My Stats